В данной работе представлен упорядоченный системный взгляд на проблему мониторинга и оценки эффективности инновационной деятельности при реализации парадигмы устойчивого развития бизнеса. Предложенная контроллинговая модель инновационного процесса, основанная на комбинации диагностических и прогностических ключевых показателей эффективности, ориентирована на информационные потребности стейкхолдеров при оценке результативности и эффективности инновационного потенциала компании. В качестве объектов мониторинга выступают: управление идеями и знаниями; организационная культура и структура; конкурентоспособность стратегии инновационного развития; капитальные вложения и текущие затраты; продукты и результаты; система управления инновационным потенциалом, включая модели планирования и контроля проектов и их портфелей. Предлагаемые подходы к отбору ключевых показателей эффективности могут рассматриваться в качестве универсальных «блочных модулей» при создании оценочной системы для измерения эффективности и инициации инновационной деятельности.